Desa Kembang Kuning dibentuk pada tahun 1966 setelah adanya pemekaran dari Desa Kotaraja Utara hasil Pemekaran yaitu Desa Tetebatu dan Desa Kembang Kuning, Pada waktu Pemekaran tahun 1966 Kepala Desa dijabat Pejabat Kepala Desa periode dari Tahun 1966-1970, Kemudian Kepala Desa Pertama Hasil Pemilihan dijabat oleh H. MUH. AMIN Periode 1970-1979, Kepala Desa Kedua Hasil Pemilihan dijabat oleh LALU MUHUR periode dari tahun 1979-1997, Kepala Desa Ketiga Hasil Pemilihan dijabat oleh H. LALU SUJIAN, SH periode dari tahun 1997-2011, Pada Waktu Pemerintahan H. LALU SUJIAN, SH. Tepatnya Pada Tahun 2010 Desa Kembang Kuning di mekarkan menjadi Dua Desa Yaitu Desa Kembang Kuning Dan Desa Jeruk Manis), Kepala Desa Ke Empat Hasil Pemilihan dijabat oleh LALU WIRANOM, SH periode dari tahun 2014-2017, Kepala Desa Ke Lima Hasil Pemilihan dijabat oleh H. LALU SUJIAN, SH periode dari tahun 2018-2026.

Sebagai perwujudan Demokrasi dalam Penyelenggaraan Pemerintahan Desa, dibentuk Badan Permusyawaratan Desa (BPD) atau sebutan lain yang sesuai dengan budaya yang berkembang di Desa, yang berfungsi membahas dan menyepakati Peraturan Desa bersama Kepala Desa, menampung dan menyalurkan aspirasi masyarakat. Keanggotaan Badan Permusyawaratan Desa terdiri dari wakil penduduk Desa bersangkutan yang ditetapkan dengan cara Musyawarah dan Mufakat. Masa jabatan Badan Permusyawaratan Desa 8 (Delapan) tahun dan dapat dipilih kembali paling banyak tiga kali secara berturut-turut atau tidak secara berturut-turut.

Adapun dengan batas-batas wilayah desa sebagai berikut:

Sejalan dengan perkembangan dan pertumbuhan penduduk serta adanya dorongan aspirasi dari masyarakat maka pada Tahun 2019 Desa Kembang Kuning resmi membentuk Wilayah Dusun menjadi 6 (Enam) Dusun Berdasarkan Keputusan Bupati Lombok Timur Nomor: 188.45/187/PMD/2019 antara lain terdiri dari :

1. Dusun Kembang Kuning
2. Dusun Benteng
3. Dusun Benteng Deye
4. Dusun Kembang Mekar
5. Dusun Gubuk Baru, dan
6. Dusun Orong Sendero.